江孜戰役以后，7月14日英軍又向拉薩進發。這時西藏抗英斗爭的形勢發生了變化，有領導有組織的武裝抵抗已接近尾聲，西藏地方政府中的妥協投降派的勢力抬頭，噶廈政府在他們的壓力下，向西藏軍民發出了停止抵抗的命令，并派出噶倫等僧俗官員為談判代表，要求與英軍在途中談判，勸阻英軍不要進入拉薩。但是這時的萊赫鵬，完全撕下他是來與駐藏大臣和西藏的代表談判通商和邊界問題的“和平使節”的偽裝，根本不理睬西藏方面發出的和談的呼吁，一心要打到拉薩。7月31日，英軍在曲水渡過雅魯藏布江，在這緊急關頭，十三世達賴喇嘛帶領少數隨從逃離拉薩，翻越唐古拉山，經柴達木盆地和安西，前往外蒙古。達賴喇嘛行前任命甘丹赤巴洛桑堅贊為代理攝政，由噶倫和三大寺代表等輔助，辦理政務。8月3日，英軍占領了拉薩。清朝在十三世達賴喇嘛離開拉薩后，按照駐藏大臣有泰的奏請，宣布將達賴喇嘛的名號“暫行革去”。

英國侵略軍侵入拉薩城

在英軍打進拉薩的問題上，榮赫鵬、英印總督寇松等人和英國政府之間存在著一些分歧。寇松最早提出改變西藏是中國的一部分的地位、把西藏變為英國控制下的中英和英俄之間的“緩沖國”的計劃，實際上是要使西藏成為英印北上的英國前進基地，宣稱“一旦我們得以進入西藏，并獲得使俄國的勢力陷于困境的影響，我們就能扭轉給印度帶來危險的政治局面，就能使我們處于一個可以利用難隊跨越的羌塘高原作為我們和俄國未來可能的疆界之間的壁障的地位，就可能阻止俄、法勢力穿越亞洲結合的可能性。而另一方面，我們將處于一個支持我們進取四川和連接我們（在中國的）東西方勢力的地位。”出于這種保證英國在印度的殖民統治、與俄國爭霸、進一步侵略中國的目的，寇松和萊赫鵬主張采取一切可能的卑鄙手段對中國的西藏地方發動武裝侵略。而英國政府在歐洲正面對德國的威脅，需要爭取俄國加入反德的同盟，又考慮與沙皇俄國在亞洲劃分勢力范圍的關系，顧忌俄國和法國的反對，同時顧慮西藏人民的抵抗會使英軍在西藏高原難以脫身，因此一開始對寇松和榮赫鵬的計劃并不積極支持。寇松和榮赫鵬玩弄陰謀，一開始只要求英國內閣同意派兵到邊境壓迫西藏地方與之談判，然后破壞談判，要求英國政府批準他們打到江孜進行談判，打到江孜后又趁俄國和日本在中國東北發生戰爭俄國眼看就要失敗的時機，促使英國政府同意他們打到拉薩。英國政府批準了進軍到拉薩的計劃，但是仍然認為這是極其冒險的行動，西藏人民并未屈服，大雪封山截斷交通線，英軍在拉薩就有被困死的可能，因此規定英軍必須在9月內退回。當然，在亞洲進行侵略擴張這一總的方針上，英國內閣和寇松、榮赫鵬等人是一致的，他們的分歧只是具體做法上的分歧，因此寇松和榮赫鵬的計劃總是能夠得到英國內閣的“不那么情愿的”的批準。

英軍侮辱中國藏軍被俘從員（此照片為英人所攝）

榮赫鵬帶兵到拉薩后，確實是處在險境之中。拉薩東面仍有數千藏軍活動，拉薩近郊的色拉寺、哲蚌寺的僧眾還有武裝，拉薩市民不賣糧食和貨物給英軍，甚至有僧人只身闖入英軍駐地，刺殺英軍軍官。達賴喇嘛出走，又使萊赫鵬沒有了談判的對手，于是榮赫鵬只好去找駐藏大臣有泰，經過有泰的配合和尼泊爾在拉薩的代表的活動，才能夠和以代理攝政洛桑堅贊為首的西藏地方政府的代表進行談判。1904年9月7日，榮赫鵬和洛桑堅贊等人在布達拉宮簽署了一份榮赫鵬事先炮制好的共有十條的《拉薩條約》，其主要內容是：一、除了已開的亞東商埠外，增開江孜、噶大克為商埠，英國在這兩地享有同樣特權。二、分期付給英國軍事賠款五十萬英鎊（后來新任英印總督俺土爾將賠款減為17萬英鎊，合250萬印度盧比）。三、邊界至江孜、拉薩通道上的炮臺要塞一律削平。四、西藏答應，非經英國政府同意，不得將土地讓賣租借于其他國家，西藏事務不得讓其他國家干預，鐵路、道路、電線、礦產等項權利不許其他國家享受。在簽訂《拉薩條約》的過程中，駐藏大臣有泰執行清朝政府對外屈膝投降的方針，昏庸誤國，幫助萊赫鵬壓服西藏官員簽約。榮赫鵬本來要求有泰也在條約上簽字，有泰也準備答應，被手下官員勸阻而沒有簽字，他只是和榮赫鵬交換了一個照會，雙方說明條約中所說的非經英國同意不得在西藏享有權利的“任何外國”，不包括中國在內，中國商民仍可以到江孜、亞東、噶大克商埠經商貿易。清朝外務部在看到《拉薩條約》的草約后，也立即指示有泰不得畫押，并向英方聲明，所有條款應由清朝和英國商議后，才能審核，還決定西藏答應的賠款，由清朝政府支付。俄國和法國也對《拉薩條約》提出反對意見。

西藏是中國領土的一部分，有關西藏的國際條約，不經過當時中國的中央政府清朝的同意和簽署，自然是不合祛和無效的。萊赫鵬在英軍于9月23日撤出拉薩時，還企圖引誘有泰和英軍一起到亞東去，在那里當面畫押，有泰因為已接到清朝的指示，沒有同意。1904年底英國內閣更迭，新內閣迫切需要爭取俄國一起反對德國，也只得同意和清朝商議修改。1905年1月，清朝派外務部右侍郎唐紹儀、參贊張蔭棠等，在印度的加爾各答和英方專使費夏利等談判改約。寇松雖然不當英印總督，仍在會外策劃操縱英方代表，在會上提出中國對西藏只有“宗主權”，并想將此寫人條約，自然遭到清朝代表的堅決反對，談判陷入僵局。英國還開始采用另一個更為陰險狡猾的政策，力圖利用西藏地方統治集團和清朝的一些矛盾，在西藏上層集團內部收買和培植代理人。它在這時利用其皇太子訪印的機會，用威脅利誘的辦法，邀請九世班禪到印度會見皇太子，企圖拉攏班禪代替出走的達賴喇嘛，與英方合作。由于張蔭棠等官員在印度對九世班禪爭取教育，當英方要九世班禪向英國皇太子跪拜時，九世班禪向英方申明“我只在（清朝）大皇帝前跪拜，其余不行”，使英國的計劃沒有成功。1906年中英在北京重開談判，并在4月27日簽署《中英續訂藏印條約》，其第二款規定“英國國家應允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中國國家亦應允不準其他外國干涉藏境及其一切政治”。把《拉薩條約》作為附約列于其后。這個《北京條約》雖然沒有按中國代表的主張明文寫上中國對西藏的主權的字樣，但是排除了《拉薩條約》將中國暗列為“外國”的含義，明確英國對西藏來說屬于外國，中國擔負起不準他國干涉西藏的責任，這表明英國政府在各方的壓力下，也不得不在事實上確認中國對西藏的主權，西藏地方的外交事務必須通過中國中央政府。接著，1907年8月英國和俄國達成了關于波斯、阿富汗、中國西藏的三個協議。按照協議，英俄在保留他們在西藏的“特殊利益”的同時，雙方承諾“只通過中國政府同西藏進行交往”，從而把西藏作為一個中國管轄下的英俄勢力范圍的隔離地帶。英國在沒有中國參加的情況下，說服俄國將中國對西藏只有“宗主權”的提法寫進他們的協議，說明英國對西藏的侵略計劃并沒有停止，只是變換了一下方式，準備在新的形勢下繼續推行。

經過英國兩次侵略西藏的戰爭，朝野上下對清朝政府的妥協退讓的方針和駐藏大臣在戰爭中的表現強烈不滿，紛紛提出責問，清朝政府也看到了西藏在列強爭奪下問題的嚴重性，為了鞏固在西藏的統治，保住西南的屏障，1906年4月，清朝派遣張蔭棠以駐藏幫辦大臣的身份入藏“查辦藏事”，他是清代上百個駐藏大臣中惟一的一個漢族出身的人。他到拉薩后，經過調查了解，向清朝政府參劾了駐藏大臣有泰等十幾個在藏滿漢官員昏庸誤國、貪污腐化，在西藏人民抗英斗爭中“坐誤事機”的罪責。清朝政府下令將有泰等人革職查辦。還參奏噶倫平措旺丹勒索百姓，貪贓枉法，平措旺丹也被撤職查辦。這使西藏僧俗上下民氣大振。西藏各界人民交口稱贊張蔭棠為西藏清除時弊，嚴肅法紀，懲辦貪官的勇氣和行動。張蔭棠還根據西藏當時外有強敵侵略，內部民生凋敝的情況，決心實行政治經濟改革措施，訓練軍隊，變法圖強。1907年1月，他向清朝外務部提出治藏大綱二十四款，得到清朝政府的采納，作為革新西藏政務的基礎。他命令噶廈政府設立了交涉、巡警、督練（練兵）、鹽茶（種茶、運茶、收鹽稅）、財政（設銀行、鑄新幣）、工商、路礦（修路、開礦）、學務（開設學校）、農務（開墾土地、改良畜種）等九個局，作為推行新政的常設機構。他編寫了《訓俗淺言》和《藏俗改良》兩本小冊子，譯成藏文散發各地。他還到大昭寺去對僧俗大眾講解英國對西藏的侵略和推行新政變法圖強的重要性。他的這些主張和措施雖然由于清朝的腐敗和西藏保守勢力的阻撓反對，大部分沒有能夠實行，有的內容還脫離西藏實際，有一些有消極作用，但是這些主張給西藏人民帶來了新的希望，在僧俗大眾中留下了深刻的影響，受到西藏人民的贊揚。后來，張蔭棠的積極整頓藏政受到繼任的駐藏大臣聯豫的猜忌，清朝政府也認為他的言行偏激不合時宜，1907年5月調他到印度西姆拉去和英國代表商談江孜開埠的事宜，張蔭棠在西藏推行新政的任務改由聯豫來執行。聯豫首先奏請撤銷駐藏幫辦大臣，在駐藏大臣之下設左右參贊各一人作為輔助，將權力集中于駐藏大臣。

十三世達賴喇嘛出走到外蒙古，本來是受他身邊的布利亞特蒙古僧人德爾智等人的鼓動，想取得俄國的幫助繼續抗英。但此時俄國剛被日本打敗，無力提供實質的援助，這使十三世達賴喇嘛仍然寄希望于清朝。1906年，在清朝的要求下，他從庫侖啟程返藏，走到青海塔爾寺時，由于清朝在西藏推行新政和在四川藏區實行改土歸流，就在塔爾寺暫住。1907年11月，清朝批準達賴喇嘛進京朝覲的要求，他就經蘭州、西安，于1908年1月到五臺山朝禮，等候進京。這時俄國、美國駐北京的使節和日本、德國的外交人員接連到五臺山拜會達賴喇嘛，英國駐北京的公使也通過中間人和達賴喇嘛取得了連系。9月底，十三世達賴喇嘛從五臺山到北京，慈禧太后和光緒皇帝幾次接見和宴請他，賜給金冊金印，恢復了他的達賴喇嘛的名號，加封他為“誠順贊化西天大善自在佛”，但是清朝沒有批準達賴喇嘛不經過駐藏大臣直接向皇帝上奏的請求，又使他深感不滿。在這期間，英國公使專門拜會了達賴喇嘛，還派了熟悉西藏情況的駐江孜商務專員鄂康諾帶著錫金王子到北京，參加英國公使和達賴喇嘛的會見，對達賴喇嘛竭力拉攏，而達賴喇嘛對英國的態度也有了重要的改變，想與英國改善關系。緊接著慈禧太后和光緒皇帝去世，十三世達賴喇嘛即于1908年底離京返藏。

清朝在康區實行改土歸流并派遣川軍人藏，威脅到西藏僧俗上層的政治和經濟利益，引起清朝和達賴喇嘛為首的西藏部分僧俗上層的矛盾，這促使十三世達賴喇嘛從堅決抗英轉變到依靠英國的支持來保住自己的統治權力和利益。還在返藏的途中，他就命令倫欽夏扎班覺多吉調集藏軍和民兵阻擊川軍進藏，并請英國公使出面壓迫清朝停止川軍人藏。1909年11月，十三世達賴喇嘛回到拉薩，首先正式任命親英派貴族夏扎班覺多吉等三人為倫欽，執掌大權。1910年2月，由鐘穎率領的川軍到達拉薩，隨即與藏軍發生零星沖突，這使本來就與駐藏大臣聯豫關系緊張的十三世達賴喇嘛坐臥不安，立即命令策墨林活佛為攝政，留守拉薩，自己帶領倫欽夏扎等少數官員逃走。聯豫派兵追趕，在曲水遭藏軍阻擊，沒有追上。2月底，十三世達賴喇嘛經亞東到達印度大吉嶺。清朝根據駐藏大臣聯豫的奏請，再次革去十三世達賴喇嘛的名號，而英國則對他熱情接待，安排他游覽印度各地，在大吉嶺為他提供住房和生活用品。讓達賴喇嘛在大吉嶺設立噶廈，和拉薩的西藏地方政府官員保持聯系，遙控西藏的事態發展。英國雖然表面上宣稱不干涉西藏事務，保持中立，實際上卻加緊利用十三世達賴喇嘛逃到印度的形勢，為進一步侵略西藏做準備。